En 1565, le premier évêque de Saint Omer, Gérard d’Haméricourt, confie aux Jésuites une maison rue du Vieil Brusle (actuelle rue Gambetta) pour y établir un collège.A la fin du XVIème siècle, compte tenu du succès (600 élèves) un nouveau bâtiment est construit à l’emplacement de la Bibliothèque actuelle. Il a été détruit à la fin du XIXème siècle (pour être remplacé par le bâtiment qui abrite la Bibliothèque depuis cette date) mais on en conserve la trace sur quelques documents photographiques comme celui qui est exposé dans le parloir du lycée.

Au XVIIème siècle, est construite pour cet établissement la Chapelle des Jésuites, qui connaîtra bien des traverses avant d’être désacralisée après la deuxième guerre mondiale, pour abriter des salles de classe, puis servir à diverses animations culturelles.

Au XVIIème siècle également est construit le bâtiment dit « des études », parallèle à celui qui fut construit à la fin du XVIème siècle. Depuis une quinzaine d’années, il est intégré à la Bibliothèque d’Agglomération.

D’autre part, au XVIIème siècle également, est construit le « Collège des Jésuites Anglais », donnant sur la rue Saint Bertin, pour éduquer dans le catholicisme de jeunes Anglais. (actuel « Hôpital Coste »)

Un Séminaire Episcopal est construit au début du XVIIème siècle face au bâtiment actuel du lycée, donnant sur la rue Gambetta actuelle. C’est maintenant l’Internat filles.

Au milieu du XVIIIème siècle, est construit l’actuel « bâtiment administratif ».

En 1762, les Jésuites sont chassés de France ; ils sont bientôt remplacés par les Pères de la Doctrine Chrétienne ; de même le Collège des Jésuites Anglais voit arriver d’autres religieux ; l’ensemble continue à fonctionner jusqu’à la révolution.

A partir de 1792, l’enseignement cesse dans les deux collèges, qui servent d’hôpital, de prison, d’entrepôt, etc. En 1802, un collège se remet difficilement en place. Il reste simple collège municipal jusqu’en 1845, date à laquelle il devient collège royal, puis lycée en 1848. Cette décision oblige l’établissement à s’agrandir, notamment pour loger un internat, un grand bâtiment, dit « bâtiment en U » est construit.

Sous le Second Empire, un nouveau bâtiment est construit sur l’actuelle rue Gambetta, le « n°42 ».

En 1895, est construit le bâtiment actuel de la Bibliothèque à la place du bâtiment construit à la fin du XVIème siècle (voir plus haut). Le rez-de-chaussée est occupé par les « petites classes » (primaire) rattachées au lycée.

Pendant les années trente, les effectifs augmentent de nouveau, le bâtiment de « l’Arsenal » construit au XIXème siècle est occupé par le lycée ; il était parallèle au « bâtiment en U » évoqué plus haut.

Pendant la guerre, le lycée est réquisitionné, les cours se poursuivent rue Saint Sépulcre.

Pendant la période 1950 – 1989 la croissance des effectifs est pratiquement continue. Des sections techniques et commerciales se développent à côté de l’enseignement général. Des bâtiments démontables sont installés dans la cour de l’Hôpital Coste, puis dans celle de l’Ancien Séminaire.

Pendant les années 1970 est menée une grande restructuration : l’Ancien Séminaire est aménagé en Internat, le Bâtiment Administratif est rénové, le bâtiment en U et l’ « Arsenal » sont démolis et remplacés par le grand bâtiment actuel construit sur leur emplacement.

Dans le même temps, les classes primaires ont quitté le lycée, puis les sections industrielles et le premier cycle, enfin la construction du lycée d’Aire-sur-la-Lys contribue à désengorger le lycée.

Pendant les années 1990, le lycée quitte le rez-de-chaussée de la Bibliothèque et le « bâtiment des études». Des pavillons sont installés dans la Cour de l’Hôpital Coste.

En 2005 enfin, la Demi-Pension est reconstruite de l’autre côté de la rue Gambetta, l’ancienne  chapelle du Séminaire est aménagée en Maison du Lycéen.